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1.Imagem marcado/desmarcadoALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Categorização funcional de sequências expressas envolvidas na defesa do cafeeiro a doenças. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais. Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009. Não paginado.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.

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2.Imagem marcado/desmarcadoALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Categorização funcional de sequências expressas envolvidas na defesa do cafeeiro a doenças. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: Resumos Expandidos... Brasília: Embrapa Café, 2009.

Biblioteca(s): Embrapa Café.

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3.Imagem marcado/desmarcadoGUERRA, R. L.; ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; GOULART, C. de C. Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.

Biblioteca(s): Embrapa Café.

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4.Imagem marcado/desmarcadoBARKA, G. D.; CAIXETA, E. T.; ALMEIDA, R. F. de; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L. Differential expression of molecular rust resistance components have distinctive profiles in Coffea arabica - Hemileia vastatrix interactions. European Journal of Plant Pathology, v. 149, n. 3, p. 543-561, Nov. 2017.

Biblioteca(s): Embrapa Café.

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5.Imagem marcado/desmarcadoALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Caracterização funcional e perfil de expressão in silico de quitinases do CAFEST. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.

Biblioteca(s): Embrapa Café.

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6.Imagem marcado/desmarcadoALVARENGA, S. M.; BRASIL, A. E.; PINHEIRO, R.; KUX, H. J. H. Estudo geomorfologico aplicado a Bacia do Alto Paraguai e Pantanais Mato-Grossense. In: BRASIL. Ministerio das Minas e Energia. Projeto RADAMBRASIL. Salvador, 1984. p.89-187 (Projeto RADAMBRASIL. Boletim Tecnico. Serie Geomorfologia, 1) Parte de Livro.

Biblioteca(s): Embrapa Pantanal.

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7.Imagem marcado/desmarcadoALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; MACIEL-ZAMBOLIM, E.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Marcadores moleculares derivados de sequências expressas do genoma café potencialmente envolvidas na resistência à ferrugem. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 8, p. 890-898, ago. 2011. Título em inglês: Molecular markers from coffee genome expressed sequences potentially involved in resistance to rust.

Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais.

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8.Imagem marcado/desmarcadoALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Marcadores moleculares derivados de sequências expressas do genoma café potencialmente envolvidas na resistência à ferrugem. Pesquisa Agropecuária Brasileira. Brasília, v. 46, n.8, p. 890-898, ago. 2011.

Biblioteca(s): Embrapa Café.

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9.Imagem marcado/desmarcadoALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. In silico identification of coffee genome expressed sequences potentially associated with resistance to diseases. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 33, n.4, p. 795-806. 2010. 795-806

Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Unidades Centrais.

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10.Imagem marcado/desmarcadoMACIEL, B. H.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, F. T.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, E. M.; SAKIYAMA, N. S. Obtenção de marcador molecular potencialmente envolvido com a resistência do cafeeiro à ferrugem. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.

Biblioteca(s): Embrapa Café.

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11.Imagem marcado/desmarcadoANDRADE, F. T.; CAIXETA, E. T.; MACIEL, B. H.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, E. M.; SAKIYAMA, N. S. Obtenção de ESTs potencialmente relacionadas à resistência do cafeeiro à ferrugem por meio de análise in silico. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.

Biblioteca(s): Embrapa Café.

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12.Imagem marcado/desmarcadoALVARENGA, S. M.; PINTO, G. B.; CAIXETA, E. T.; DIOLA, V.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Identificação de cromossomo artificial de bactéria contendo gene de resistência a doenças em cafeeiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.

Biblioteca(s): Embrapa Café.

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13.Imagem marcado/desmarcadoALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; OLIVEIRA, A. C. B. de; RUFINO, R. J. N.; BRITO, G. G. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Análise da diversidade genética de cafeeiros do Banco de Germoplasma da UFV/EPAMIG utilizando marcadores RAPD. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.

Biblioteca(s): Embrapa Café.

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14.Imagem marcado/desmarcadoRUFINO, R. J. N.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; PENA, G. F.; ALMEIDA, R. F. de; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Marcadores microssatélites para o cafeeiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.

Biblioteca(s): Embrapa Café.

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15.Imagem marcado/desmarcadoALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, F. T.; MACIEL, B. H.; ZAMBOLIM, E. M.; XAVIER, K. V.; SAKIYAMA, N. S. Localização de marcador molecular derivado de EST potencialmente associado ao domínio LRR em mapa genético de Coffea arabica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.

Biblioteca(s): Embrapa Café.

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16.Imagem marcado/desmarcadoBARBOSA, J. C.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; CAPUCHO, A. S.; RUFINO, R. N.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Caracterização da resistência vertical e horizontal do cafeeiro à ferrugem (Hemileia vastatrix Berk. & Br) em acesso de híbrido de Timor. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.

Biblioteca(s): Embrapa Café.

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17.Imagem marcado/desmarcadoCAPUCHO, A. S.; SOUZA, A. F. de; ZAMBOLIM, E. M.; CAIXETA, E. T.; RUFINO, R. J. N.; BARBOSA, J. C.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L. Viabilidade de uredosporos da ferrugem do cafeeiro (Hemileia vastatrix Berk. et Br.) sob diferentes métodos de preservação in vitro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.

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Registro Completo

Biblioteca(s):  Embrapa Café.
Data corrente:  18/02/2011
Data da última atualização:  07/07/2011
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Circulação/Nível:  B - 1
Autoria:  ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S.
Afiliação:  SAMUEL MAZZINGHY ALVARENGA, Universidade Federal de Viçosa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; BÁRBARA HUFNAGEL, Universidade Federal de Viçosa; FLÁVIA THIEBAUT, Universidade Federal de Viçosa; EUNIZE MACIEL ZAMBOLIM, Universidade Federal de Viçosa; LAÉRCIO ZAMBOLIM, Universidade Federal de Viçosa; NEY SUSSUMU SAKIYAMA, Universidade Federal de Viçosa.
Título:  In silico identification of coffee genome expressed sequences potentially associated with resistance to diseases.
Ano de publicação:  2010
Fonte/Imprenta:  GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 33, n.4, p. 795-806. 2010.
Páginas:  795-806
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Sequences potentially associated with coffee resistance to diseases were identified by in silico analyses using the database of the Brazilian Coffee Genome Project (BCGP). Keywords corresponding to plant resistance mechanisms to pathogens identified in the literature were used as baits for data mining. Expressed sequence tags (ESTs) related to each of these keywords were identified with tools available in the BCGP bioinformatics platform. A total of 11,300 ESTs were mined. These ESTs were clustered and formed 979 EST-contigs with similarities to chitinases, kinases, cytochrome P450 and nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) proteins, as well as with proteins related to disease resistance, pathogenesis, hypersensitivity response (HR) and plant defense responses to diseases. The 140 EST-contigs identified through the keyword NBS-LRR were classified according to function. This classification allowed association of the predicted products of EST-contigs with biological processes, including host defense and apoptosis, and with molecular functions such as nucleotide binding and signal transducer activity. Fisher?s exact test was used to examine the significance of differences in contig expression between libraries representing the responses to biotic stress challenges and other libraries from the BCGP. This analysis revealed seven contigs highly similar to catalase, chitinase, protein with a BURP domain and unknown proteins. The involvement of these coffee proteins i... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Data mining; ESTs.
Thesaurus NAL:  Bioinformatics; Coffea; Genomics.
Categoria do assunto:  --
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/29344/1/In-silico-identification.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Café (CNPCa)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CNPCa - SAPC116 - 1UPCAP - DD
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